Новости химической науки > Искусственная аминокислота способствует расщеплению ДНК

Искусственная аминокислота превращает ДНК-связывающийся белок в ДНК-расщепляющий белок.

Рисунок из J. Am. Chem. Soc., 2008, DOI: 10.1021/ja804653f

Заменив один из нативных аминокислотных остатков в белке остатком синтетической аминокислоты, химики из Исследовательского Института Скриппса превратили белок, связывающийся с ДНК, в белок, селективно расщепляющий ДНК по фрагменту, расположенному в соседнем положении к синтетической аминокислоте. Изменение положения синтетической аминокислоты позволяет расщеплять ДНК в предопределенных позициях. Новая методика позволяет построить карту взаимодействий между белками и взаимодействующими с ними молекулами ДНК.

Петер Шульц (Peter G. Schultz) и Хюн Су Ли (Hyun Soo Lee) осуществили трансформацию на катаболитическом активаторном белке [catabolite activator protein (CAP)] бактерии Escherichia coli. Белок представляет собой гомодимер, который связывается с фрагментом, состоящим из 22 нуклеотидных остатков. Исследователи заменили в белке лизиновый остаток на бипиридил-аланиновый (Bpy-Ala) в том сайте, с помощью которого белок взаимодействует с молекулой ДНК. Бипиридильный фрагмент хелатирует ионы переходных металлов, которые, как ожидали Шульц и Ли, должны индуцировать окислительное расщепление цепи ДНК в положении, соседнем к месту связывания синтетической ДНК с белком.

При инкубации модифицированного белка в среде, содержащей ионы металлов, восстанавливающий агент и молекулы ДНК действительно наблюдалось расщепление молекулы ДНК в ожидаемом положении. Исследователи предполагают, что разработанная методика сможет быть использована для превращения любых белков, связывающихся с ДНК в белки, расщепляющие ДНК.

Источник: J. Am. Chem. Soc., 2008, DOI: 10.1021/ja804653f

метки статьи: #биохимия, #молекулярная биология, #новые материалы, #органическая химия, #физическая химия