Сравнени gaussian и gamess для полуэмпирических расчетов.
Сравнени gaussian и gamess для полуэмпирических расчетов.
Всем хорош Gaussian, но для расчетов больших молекулярных систем полуэмпирическими методами не годится. Модифицированный мною с разрешения его авторов GAMESS значительно быстрей PC GAMESS'а при расчете больших молекулярных систем полуэмпирическими методами и позволяет расчитывать значмтельно большие системы, чем GAMESS и PC GAMESS. Соответствующие статьи [9-11] можно скачать со страницы, посвященной процессору P4: http://www.thesa-store.com/products/
Последний раз редактировалось Yurii Ср авг 15, 2007 8:49 am, всего редактировалось 1 раз.
-
eukar
Re: Сравнени gaussian и gamess для полуэмпирических расчетов
Это прямиком в "зацените!"Yurii писал(а): Модифицированный мною GAMESS с разрешения его авторов значительно быстрей PC GAMESS'а
А если бы авторы не разрешили - был бы медленнее?
(Если что, я смысл понял, но вы читайте сами-то, что пишите...)
Re: Сравнени gaussian и gamess для полуэмпирических расчетов
Не совсем понял. Без разрешения нельзя было бы публиковаться. А модификация сначала была сделана из-за того, что GAMESS и PC GAMESS не позволяли расчитывать те системы, которые меня интересовали (слишком большие). Это потом я увидел, что моя версия GAMESS'а значительно быстрей PC GAMESS'а.eukar писал(а):Это прямиком в "зацените!"Yurii писал(а): Модифицированный мною GAMESS с разрешения его авторов значительно быстрей PC GAMESS'а
А если бы авторы не разрешили - был бы медленнее?
(Если что, я смысл понял, но вы читайте сами-то, что пишите...)
-
eukar
Re: Сравнени gaussian и gamess для полуэмпирических расчетов
А вы сравнитеYurii писал(а):Не совсем понял. Без разрешения нельзя было бы публиковаться. А модификация сначала была сделана из-за того, что GAMESS и PC GAMESS не позволяли расчитывать те системы, которые меня интересовали (слишком большие). Это потом я увидел, что моя версия GAMESS'а значительно быстрей PC GAMESS'а.eukar писал(а):Это прямиком в "зацените!"Yurii писал(а): Модифицированный мною GAMESS с разрешения его авторов значительно быстрей PC GAMESS'а
А если бы авторы не разрешили - был бы медленнее?
(Если что, я смысл понял, но вы читайте сами-то, что пишите...)
и то, что вы написали.Модифицированный мною с разрешения его авторов GAMESS значительно быстрей PC GAMESS'а
Еще раз: я понял, что вы хотели сказать, но все-таки неаккуратно как-то.
Re: Сравнени gaussian и gamess для полуэмпирических расчетов
Возможно, Вы и правы, но думаю, что смысл этой фразы поймут все, кто каким-либо образом связан с расчетами.eukar писал(а):А вы сравнитеYurii писал(а):Не совсем понял. Без разрешения нельзя было бы публиковаться. А модификация сначала была сделана из-за того, что GAMESS и PC GAMESS не позволяли расчитывать те системы, которые меня интересовали (слишком большие). Это потом я увидел, что моя версия GAMESS'а значительно быстрей PC GAMESS'а.eukar писал(а):Это прямиком в "зацените!"Yurii писал(а): Модифицированный мною GAMESS с разрешения его авторов значительно быстрей PC GAMESS'а
А если бы авторы не разрешили - был бы медленнее?
(Если что, я смысл понял, но вы читайте сами-то, что пишите...)и то, что вы написали.Модифицированный мною с разрешения его авторов GAMESS значительно быстрей PC GAMESS'а
Еще раз: я понял, что вы хотели сказать, но все-таки неаккуратно как-то.
Re: Сравнени gaussian и gamess для полуэмпирических расчетов
Как много атомов можно вкдючить в расчет?Yurii писал(а):Всем хорош Gaussian, но для расчетов больших молекулярных систем полуэмпирическими методами не годится. Модифицированный мною с разрешения его авторов GAMESS значительно быстрей PC GAMESS'а при расчете больших молекулярных систем полуэмпирическими методами и позволяет расчитывать значмтельно большие системы, чем GAMESS и PC GAMESS. Соответствующие статьи [9-11] можно скачать со страницы, посвященной процессору P4: http://www.thesa-store.com/products/
Re: Сравнени gaussian и gamess для полуэмпирических расчетов
Последяя версия моей модификации распространяется только на технологию EM64T. Это вызвано двумя причинами.Vasil_ писал(а):Как много атомов можно вкдючить в расчет?Yurii писал(а):Всем хорош Gaussian, но для расчетов больших молекулярных систем полуэмпирическими методами не годится. Модифицированный мною с разрешения его авторов GAMESS значительно быстрей PC GAMESS'а при расчете больших молекулярных систем полуэмпирическими методами и позволяет расчитывать значмтельно большие системы, чем GAMESS и PC GAMESS. Соответствующие статьи [9-11] можно скачать со страницы, посвященной процессору P4: http://www.thesa-store.com/products/
Первая и основная: объем оперативной памяти неограничен.
Вторая: операции BLAS level 3 (типа умножения матрицы на матрицу) под EM64T выполняются значительно быстрей, чем под IA32 (этому способствует умелое использование дополнительных регистров, хотя под EM64T программирование BLAS level 3 примитивно - с этой задачей может справиться любой талантливый старшекурник, чего не скажешь о IA32).
Максимальное количество атомов не фиксировано и определяется как размером доступной оперативной памяти, так и максимальным размером базиса. У меня стоит 4 Gb памяти и я под ней могу считать задачи с базисом, при котором размер м-ц 16800*16800. Если все атомы тяжелые, то их максимальное количество равно 16800/4=4200. Скорость моей программы под EM64T в 2 раза выше скорости PC GAMESS.
-
antony.stasuk
- Сообщения: 36
- Зарегистрирован: Чт июл 19, 2007 5:16 pm
Re: Сравнени gaussian и gamess для полуэмпирических расчетов
Могу ли я поинтересоваться на счет сопоставимости адекватности выходных данных при работе в режиме вашей модификации и модификации типа стандартного GAMESS?Yurii писал(а):... Скорость моей программы под EM64T в 2 раза выше скорости PC GAMESS.
Да и еще вопрос о применимости вашего алгоритма (касабельно его универсальности, для разных типов расчета и разных базисов?)
Re: Сравнени gaussian и gamess для полуэмпирических расчетов
Моя модификация относится только к полуэмпирике (ее распараллеливание достигается с помощью openmp). Все остальное, что считает исходный GAMESS под Linux, считает и моя модификация под Windows x64 (правда, только на одном ядре). Результаты для 42 тестов из последней версии GAMESS для Linux и Windows полностью совпадают. Ну и пришлось покарячиться, чтобы по возможности не напрягать внешнюю память для полуэмпирики (в исходном GAMESS'е работа с внешней памятью организована совершенно бездумно. Этому есть внятное объяснение). Проделана большая работа, чтобы достичь таких результатов. Смотрю на исходный код GAMESS'а и мне становится по человечески жалко Грановского. Более-менее представляю, какую титаническую работу он проделал.antony.stasuk писал(а):Могу ли я поинтересоваться на счет сопоставимости адекватности выходных данных при работе в режиме вашей модификации и модификации типа стандартного GAMESS?Yurii писал(а):... Скорость моей программы под EM64T в 2 раза выше скорости PC GAMESS.
Да и еще вопрос о применимости вашего алгоритма (касабельно его универсальности, для разных типов расчета и разных базисов?)
Что касается воспроизводимости расчетов, то для дополнительного тестирования (как ab initio так и полуэмпирики) я использовал PC GAMESS. Многочисленные тесты показали воспроизводимость результатов.
Мою модификацию под Windows для ab initio на многоядерном процессоре не имеет смысла использовать, т.к. задействовано только одно ядро.